Ein sogenannter Zwerchfellbruch kann auch eine Refluxkrankheit auslösen oder dazu beitragen. Das Zwerchfell, ein dünner, kuppelförmiger Muskel, trennt Brust- und Bauchraum voneinander und zählt zu den wichtigsten Muskeln bei der Atmung. Durch kleine, natürliche Lücken darin treten Gefäße, Nerven und die Speiseröhre hindurch. Weitet sich eine dieser Lücken aus oder gibt es eine Schwachstelle im Muskel, kommt es zum Zwerchfellbruch. Das Bauchfell bildet dabei einen „Bruchsack“, der die Bauchorgane enthält.
Häufig verschiebt sich ein Teil des Magens aus dem Bauchraum in die Brusthöhle, entweder nur zeitweise oder dauernd. Diese Form des Zwerchfellbruchs bezeichnet man als „Hiatushernie“ Hiatushernien können in Abhängigkeit von der Magenposition unterschiedlich aussehen und in der Größe variieren.
Normalerweise bildet die Muskulatur der Speiseröhre und des Magens im Bereich des Zwerchfells einen Verschluss, der verhindert, dass Säure aus dem Magen in die Speiseröhre aufsteigt. Beim Schlucken öffnet er sich aber, um Speisen und Getränke in den Magen zu lassen. Eine Hiatushernie kann nun dazu führen, dass dieser Mechanisnus nicht mehr richtig funktioniert.